Как лучше хранить файлы в базе или на диске?

по любому всё на диске, хоть в базе, хоть на диске. :)

Смотря какие файлы и для каких целей.

Ну наприер в СРМ или документообороте присоединенные файлы. Если их будет со временем очень много.