В плане обмена регистратором изменений выступает набор записей регистра бухгалтерии. При удалении источника записей, документа остается информация о несуществующем документе.
Она сама не чистится?

При удалении (равно как при отмене проведения) записывается пустой набор записей с отбором по указанному документу (пусть даже его уже не существует). Это необходимо для того, чтобы удалить движения в базе-приемнике.

(1) А мне его как удалять вручную. Если я с пустым набором записей запишу, то у меня все очиститься.

(2) Набор записей пустой, но с установленным отбором - он очистит только движения по этому документу. Если этого не делать - в базе-приемнике останутся движения по удаленному документу.