Кто-нибудь использует стандартный реквизит Код у контрагентов?
Он остался как "исторически сложилось" или есть смысл в нем?

(0) когда у тебя контрагентов более 1000, то поиск любой ошибки идёт через код контрагента

Жизни без кода не представляю.
У нас на него завязаны все выгрузки с покупателями (у юзеров доступа к нему нет).

Использую. Терпеть не могу когда в некоторых конфигурациях код справочника не используется.

только код может обеспечить однозначную идентификацию объекта с минимальным количеством действий (естественно если коды не задублены) при разговорах с пользователем.

Уникальный код в пользовательском представлении. Программисту он возможно и не нужен, действительно для обменов правильнее использовать UID, но пользователям нужен обязательно.