Все howto в инете, которые я нашёл, строятся по схеме - сначала берем корневую базу, а потом из неё выгружаем дочерние. А как можно организовать обмен, если базы уже существуют и при этом вторая не была выгружена из первой?

да

только сначала надо поработать над сопоставлением по ГУИДам. ну, или обмен по правилам делать.

(0) Можно, но замучишься.

Ситуация такая - была база в центре. Открыли филиал. Я базу центра выгрузил в dt, восстановил в филиале (guidы по идее остались прежние) и подумал что обмен без проблем настрою потом. А оказывается надо было дочернюю базу выгружать из узла плана обмена, тогда бы всё работало почти само. Вопрос что можно сделать сейчас? по логике не должно быть слишком проблемно...