Выгружаю на сайт.

Отбор и сортировка не стоит:
http://joxi.ru/1A5JbPncKk15rE

По группам классификатора тоже не фильтруется:
http://joxi.ru/Y2LDjJWCneL426

Регистрируем изменения в узле обмена для всей номенклатуры:
http://joxi.ru/D2Pyj5ZCd164A3

Артикулы у всех товаров программно проставлены:
http://joxi.ru/xAeXGqjTY65n2y

Даже картинки почти у всех есть.

Тем не менее из 7498 товаров выгружается всего 583:
  Выгружено товаров: 583
  Выгружено картинок: 576
  Выгружено предложений: 571

Где они застревают?

В справочнике номенклатуры у большинства номенклатуры вид номенклатуры не Товар стоял, а шняга какая-то