Планируется сервер приложений, SQL и терминальный - все в 1.

На сервере есть:
Raid 1 из 2 Sata Enerprise
Raid 10 из 4 SSD

Как лучше установить винду?

1) Винду и софт на Sata. Что у SQL перенести на SSD? Или и ставить SQL На SSD. БД на SSD.

Удобно, если что то случилось с системой, то данные не затрагиваются.
(можно решить разделами или LUN) Дольше грузится винда.
Требует доп. настройки.

2) И систему и ПО и данные размещаем на SSD. Sata под бэкапы.

SSD маленькие - может встать вопрос нехватки свободного места.
И система и данные на 1 массиве. Все яйца в 1 корзине )
Но работает быстрее, чем в 1)

Сам думаю раздельно лучше.

С системными дисками Windows иногда бывают неприятные плюшки типа отключения кэширования. И одному Майрософту известно что они выкинут завтра. Лучше их отдельно.