Есть ли в Бухгалтерии 2.0 возможность в разных подразделениях вести учет по разным ОКТМО и КПП?

Вроде такие реквизиты есть, но в форме элемента редактирование не доступно.

имхо, только в проф версии

Я и смотрю проф. Может быть КОРП?

(2) ага, точно

все там есть

(4) Куда смотреть?

Добавляешь субконто Подразделения на 68.1.
И выгрузку из Зупа доделать или вручную после переброски подставить подразделение.

(6) ну это если ЗуП есть...

(7) если нет зуп, то немного допилить документ "Начисление зарплаты работникам".