На каждом узле свой склад и организация.
Думаю как бы сделать одним документов списание с одного узлам и поступление на другом, чтоб регистры на одном были только на списание, а на другом только на поступление...Помогите пжста.
Или забить на идею делать одним документом и сделать двумя (один на списание, другой на поступление)?

В УТ11 сделано одним документом. Смотри как.

Нет, в УТ11 даже нельзя одним документом с одного склада и организации переместить на другую организацию и склад.
Не говоря уже о частичном переносе набора регистра подчиненному одному регистратору.

(2) Да, точнее между складами один док, а между организациями другой.
Я это как пример реализации. Можно и совсем одним.