Суть в чем.
В базе источнике есть документ с двумя табличными частями (Заказ-наряд). На его основании я формирую ДВА документа в базе приемнике (Реализация товаров и услуг).

У Документа в источнике есть подчиненный документ Счет-Фактура.
Переношу этот документ в базу приемник, привязываю его к одной из реализаций созданных этим же обменом.

Но в качестве документа основания указывается только эта реализация, а мне требуется к ней добавить и вторую (благо в БП3.0 Документы основания это ТЧ)

Собственно вопрос. Как мне при загрузке, или после загрузки добавить в эту счет фактуру и второй документ основание?

Есть несколько вариантов.
1. Выгружай в параметр с-ф номера документов, которые нужно найти и добавить. В событии После загрузки объекта обрабатывай и заполняй.
2. в ПКО создающем с-ф  для конвертации группы свойств, соответствующих ТЧ с документами сформируй КоллекциюОбъектов так, чтобы заполнилось ссылками на создаваемые документы.

(1) Решил обработкой после загрузки.
Поиск через запрос по параметрам и подстановка в итоговый документ приемника.