Команда = "REG ADD ""HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings"" /f /v ProxyEnable /t REG_DWORD /d 1";    
КомандаСистемы(Команда);
Команда = "REG ADD ""HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings"" /f /v ProxyServer /t REG_SZ /d 217.12.215.22:3128";    
КомандаСистемы(Команда);

После этого нужно обновить настройки в запущенном ie
    Команда = "REG ADD ""HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections"" /f /v DefaultConnectionSettings /t REG_BINARY /d 460000000200000003000000120000003231372E31322E3231352E32323A333132380000000000000000000000000000000000000000000000000000";    
    КомандаСистемы(Команда);
    Команда = "REG ADD ""HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections"" /f /v SavedLegacySettings /t REG_BINARY /d 460000000200000003000000120000003231372E31322E3231352E32323A333132380000000000000000000000000000000000000000000000000000";    
    КомандаСистемы(Команда);

И все равно хотя и настройки поменялись ie их не тянет.

Нашел в интете функцию

    HINTERNET hInternet = InternetOpen(szAppName, INTERNET_OPEN_TYPE_DIRECT, NULL, NULL, 0);
    InternetSetOption(hInternet, INTERNET_OPTION_PER_CONNECTION_OPTION, ...);
    InternetCloseHandle (hInternet)


но как в 1с это написать не знаю.

Подскажите как написать это в 1с или может есть другой
способ

В запущенном вряд ли получится. Нужны права админа и повышение через UAC.

(0) я бы попробовал сделать через создание скрипта на Autoit, скомпилировал его в exe, и вызывал exe из 1С.