Галка в учетной политике чтобы списывать по партиям при оперативном проведении стоит.

Остатки товара на нужном складе есть, цены есть.

Что еще перед тем как лезть в конфигуратор?

А партия на складе есть? При проведении случайно не пишет "Не списано партиям"?