Было такое при импорте декларации НДС в такском референт, указывали все три файла (декларацию и книги, ругался на книги). Оказалось при импорте надо указывать только файл декларации, книги автоматом подтягивал.
Основная теорема систематики: Новые системы плодят новые проблемы.