Ситуация следующая:
УТ 11.1 проф синхронизировалась с БП проф, при этом ИТС покупался только на БП, потом франч опомнился и говорит так нельзя т.к. за одну подписку обнавляется ещё и УТ через обьмен, нужно покупать подписку и на УТ тоже.
В БП проф особой нужды нет.

Вопрос если поставить БП базовая и обновлять её в авторежиме будет ли работать синхронизация с УТ(т.е. будет ли работать синхронизация через правила объмена между БП базовая и УТ проф)?

(0) Франч неправ. Можете за одну подписку обновлять обе программы.

Поменяйте франча, неспособного привязать две программы к одному клиенту - договору ИТС.

а все таки синхронизация БП базовая и УТ проф. возможна?

RTFM: руководство по совместному использованию и ограничения базовой версии конфигурации.