Windows 2008 server. Запускаю 1С, прописав командную строку "c:\Program Files\1cv8\common\1cestart.exe"  в пользователе.
Но когда 1с запускается, невозможно настроить по кнопочке "Изменить" версию запускаемой платформы. И запускается 8.2, хотя установлена и 8.2, и 8.3.
Что делать?

запускай нужный бинарник, а не стартер

(1) Ну тогда придётся при обновлении платформы в пользователях перепрописывать, а хочется чтобы всё само

В 1С дали такой совет:
Попробуйте установить еще раз платформу 8.3 при установке выбрать

1С:Предприятие     
Основные компоненты «1С:Предприятия», включая компоненты для администрирования, конфигурирования, толстый и тонкий клиент

После установки нужно  запустить ПУСК - Все программы - 1С Предприятие 8 - 1С Предприятие
В этом случае программа сама автоматически выберет нужную версию и нужного ей клиента.

(2) Я в свое время тупо копировал папку бин в стационарную папку
Т.е. создай папку 8.2 и 8.3, после обновления копируешь из новой папки в эту папку и радуешься жизни