Есть документы РТиУ с нулевой Суммой,т.к. задействована ручная скидка 100%.

Внешний отчет (найденный на просторах инета) не тянет нулевые документы.

Ворошил код,так и не нашел причину.

Помогите разобраться с некоторыми строчками запроса/кода внешнего отчета:

<код>
ИЗ
    |    РегистрНакопления.ВзаиморасчетыСКонтрагентами.Обороты(&НачПериода, &КонПериода, Регистратор, ДоговорКонтрагента.ВидДоговора = &ВидДоговора) КАК ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОбороты
</код>

в скобках вижу передаваемые параметры,но не пойму что значит Регистратор?

Самое главное - никогда не читай учебники по запросам!!
И даже справку не читай!!!

Периодичность
Периодичность (необязательный)

Конструкция языка запросов. Указывается дополнительный разворот оборотов по периодичности. Задается один из следующих вариантов:
Период (Period) - только за период (не разворачивать);
Запись (Record) - разворачивать по записям;
Регистратор (Recorder) - разворачивать по регистратору;
Секунда (Second) - разворачивать по секундам;
Минута (Minute) - разворачивать по минутам;
Час (Hour) - разворачивать по часам;
День (Day) - разворачивать по дням;
Неделя (Week) - разворачивать по неделям;
Декада (TenDays) - разворачивать по декадам;
Месяц (Month) - разворачивать по месяцам;
Квартал (Quarter) - разворачивать по кварталам;
Полугодие (HalfYear) - разворачивать по полугодиям;
Год (Year) - разворачивать по годам;
Авто (Auto) - периодичность определяется автоматически по используемым в запросе полям периодов.

Значение по умолчанию: Период.

(1) )) ...она мне сниться,литературы полно,только с поимание не сразу приходит)

Справка - Встроенный язык - Работа с запросами - Таблицы запросов - Таблицы регистра накопления - Таблица оборотов - Параметры

Если поле Сумма документа РТиУ пустое,в РегистрНакопления пишется Неопределенно/NULL или 0?

(5) 0, не поленился посмотрел.