Вызываю СКД отчет программно , передаю параметры  ,
если есть пользовательские настройки они замещают мои.

А ты замещай ихние.

КомпоновщикНастроекКомпоновкиДанных (DataCompositionSettingsComposer)
ЗагрузитьНастройки (LoadSettings)
Синтаксис:

ЗагрузитьНастройки(<Настройки>)
Параметры:

<Настройки> (обязательный)

Тип: НастройкиКомпоновкиДанных.
Компонуемые настройки.
Описание:

Загружает настройки в компоновщик.

Доступность:

Тонкий клиент, веб-клиент, сервер, толстый клиент, внешнее соединение.
Примечание:

Пользовательские настройки заново заполняются на основе этих настроек.

Можно попробовать передать в форму параметр

Свойство формы КлючНазначенияИспользования используется для сохранения и загрузки:
- ключа текущего варианта отчета;
- текущих пользовательских настроек для каждого варианта отчета.
Формы отчета, открытые с различныи ключами назначения использования, будут иметь собственные текущие варианты и пользовательские настройки для вариантов.

Вот тут пример http://v8.1c.ru/metod/faq2/answer.jsp?id=645

(3) сделал , работает .
Расшифровка перестает работать в открывшемся отчете ?