Начали работать в Рознице: заполнили номеклатуру, добавили два типа цен (Закупочная по документам поступления и Розничная - рассчитывается по закупочной по формуле), сделали несколько документов установка цен, пару дней поторговали.

Настраиваем обмен с УТ через FTP - все выгружается, типы цен сопоставляются. При выгрузке обратно в Розницу способы расчета всех цен в Рознице меняются на "Задается вручную".

Где может быть ошибка?

Синхронизацию лучше делать от УТ к рознице. А потом торговать.

(1) Так получилось что начали с Розницы ) магазин - подразделение оптовой базы (ТиС 9.2). Работает каждый день. Постоянно поступает новая номенклатура. Пока грузили бы номенклатуру в УТ, а потом в Розницу, пришлось бы на день закрывать магазин.

Может есть смысл убрать документы, связанные с установкой цен в Рознице?

В конкретном вашем случае:
1. Настраиваете виды цен в Рознице
2. Снимаете их регистрацию, чтоб в УТ не поехали
3. Профит!

(3) Я исправил ПКС в файле правил обмена. Работает. Я так понимаю смысл тот же?

(4) Неа, не тот же.
Я предложил временное решение, которое рано или поздно сломается.
А исправить ПКС - это правильно и надежно.

(3) Твой вариант не подходит, т.к. формулы будут задаваться и корректироваться в УТ и регистрация нужна. В данном случаем мне именно ПКС необходимо менять.

(5) Спасибо! )