В отчете на СКД необходимо скрывать от пользователя сделанные настройки, типа таких:
Параметры данных:    Начало периода = 01.04.2012 0:00:00
                        Конец периода = 30.04.2013 0:00:00

Нашел, что можно через ЗначенияПараметровВыводаКомпоновкиДанных, но такого метода не нашел не в макете, не в компоновщике.

Это не при выводе надо делать, а перед компоновкой результата, когда пользовательские уже наложил на фиксированные

поставь значение Отображать параметры - Не отображать

(2) у меня 12 макетов, хотел просто программно.