Как вы относитесь к тому, некоторые пользователи (которые не програмисты 1С) сами пишут запросы в базе на рабочем серваке (при помощи консоли запросов / произвольных отчетов)?

(0) только если у вас всё красиво с правами доступа (в т.ч. с RLS). Есть у нас пара юзеров которые могут немного поправить схему компоновки данных СКД а тут конструктором какие-то запросы в консоли..

Я много лет назад был на курсах по SQL. Вместе со мной учились две барышни, аналитики из кока-колы. У них написание запросов юзерами было абсолютно стандартной фишкой (правда не 1С) и их работодателем даже учил этому.
Так что

(0) Ну пишут и что такого? Боишься, кусок хлеба отнимут?
Так отрежь права на консоль запросов, отрежь права на внешние обработки.