Как настроить авторегистрацию только для выбранного типа объекта?
т.е. мне нужно выгружать в БП только РТУ, остальные документы не нужно регистрировать к отправке.

Нарисовать свои правила регистрации.

(1) только так? насколько помню в прежних версиях можно было в режиме предприятия выбирать какие документы регистрировать.

(2) Плохо помнишь.