Здравствуйте. Такая задача - у сотрудника имеется постоянное начисление в виде аренды его автомобиля в размере 100рублей в месяц. Как правильно расчитать выплату аренды по количеству отработанных дней, если сотрудник уходит в отпуск скажем среди месяца?

В системе мотивации есть параметр "количество рабочих дней"  Соответственно делаешь формулу на основании нее.

(0) Рассчитывать надо так, как написано в договоре аренды.

Если там нет ни слова о зависимости суммы от количества отработанных дней то расчет на этом и закончен - выплачиваете указанную сумму независимо от даты ухода в отпуск/на больничный/или в любое другое отсутствие.