Комплексная 1.1.68.1
В январе у сотрудника больничный и удержание при увольнении за лишний отпуск. Получается, что больничный не облагается ФСС а удержание облагаемое, но отрицательных сумм в расчете страховых по сотруднику нет. В начислении страховых есть больничный есть сумма компенсации отпуска, но на основной закладке этого сотрудника нет.

Кроме того, в декларации по ФСС этой суммы нет в разделе 1 таблица 3. Там есть другие больничные, но именно этого нет, такое ощущение, что из-за отрицательной базы фсс декларация вообще не стала учитывать этого сотрудника.
В отчете "анализ налогов и вносов" (фсс) начисление больничных по сотруднику есть и база правильная.

Я так полагаю, что в ЗУПе такая же история. Может с нового года что то поменялось в законодательстве или это косяк релиза, т.к. в прошлом году отрицательные суммы по страховым были?

Получается так:
Больничные 20000
Компенсация за отпуск (отрицательная)  -2000

В анализе налогов сумма начислений 18000, база ФСС -2000
В декларации ФСС суммы нет и ее рвет на 18000

отрицательные суммы налога могут быть только на погашение уже исчисленного налога, когда база уменьшается.