В ДС, в произвольном запросе соединяется основная таблица с р.с. (срез последних) 3 раза. В каждом разе соединение происходит 2 раза по ссылке и 1 раз по строке. Сильно ли ускорит замена соединения по строке на соединение по ссылке ?
А так же ускорит ли разделение р.с. на 3 разных р.с. ?

скорее замедлит...

а вообще тут вопрос индексов, подумай над этим...

Ну сам подумай: при присоединении надо в таблице регистра найти записи, удовлетворяющие условиям соединения.
Как проще это сделать - сканированием таблицы, сканированием индекса или поиском по индексу?