Есть отчет по остаткам (толстый клиент). Хочу вставить промежуточную форму выбора складов.

Суть в следующем. Пользователь задает отбор, например по номенклатуре, нажимает Сформировать. Так вот я хочу сформировать запрос отбора складов попавших в выборку. Должна открыться форма с ТЗ со включенными(выбранными) галочками около складов, при необходимости можно отключить несколько из складов. И нажимаем далее. Отчет должен сформироваться только по тем складам с которых не были сняты галочки.

Если есть подобный пример реализации поделитесь. Спасибо.

Конечно же есть.
Доп.форма выбор склада
Две колонки
Флаг - булево
Склад - справочники.склады.

Запрос при открытии формы на фильтр складов
Открыть форму модально
И обрабытываешь галочки которые пользователь на выбирал.

А лучше сразу на форму реквит списокзначений
С типом склад

И запрос передаешь списокзначений
…
Вариантов очень много

Группировка по складу разве не решает твою задачу? Сразу видишь, на каких складах есть

(0) СписокЗначений.ВыбратьЭлемент()