Вообще вопрос возник по УТ 3 РБ (это адаптированная УТ 11), но навряд ли мне кто-то тут поможет по версии РБ, поэтому попытаюсь провести аналогию с УТ11.
При проведении документа "Списание недостач товаров" по регистру "Себестоимость товаров" списывается количество, но не списывается стоимость. Партионный учет включен, учет по сериям выключен. В движении документа "Ввод начальных остатков" есть движение по регистру "Себестоимость товаров": и количество, и стоимость заполняются. Так же есть движение по регистру "Партии товаров организации", а вот документ "Списание недостач товаров" не делает движения по данному регистру, но мне кажется должен. Куда копать?

в сторону регламентных заданий по расчету себестоимости

Получилось. А можно где-то настроить чтоб исходя из партионного учета списывалось самим документом "Списание недостач товаров"?

(2) никак

себестоимости в реальном времени более не существует как класса

но ты можешь как угодно часто запускать расчет себестоимости

(2) Можно. Выкинуть УТ11 :)

Вы еще много интересного узнаете об этом великом произведении обкуренных разработчиков.