Добрый день, коллеги, подскажите пожалуйста, почему в СКД во вкладке Порядок нет АВТОУПОРЯДОЧИВАНИЯ. Спасибо

Ну как бы это "подразумевается".

идет только сортировка по одинаковым контрагентам например, но сами контрагенты не сортируются по алфавиту, а при включенном Автоупорядочивании сортируются

Оно там есть.
Оно реализуется специальным полем порядка компоновки данных: АвтоЭлементПорядкаКомпоновкиДанных.
При добавлении группировки в настройках СКД это поле автоматически встает в настройку порядка группировки.