Есть две базы, одна на самописной программе, другая на 1С.
Суть задачи.
В первой базе, есть несколько контрагентов, у них может быть один ИНН и разные КПП. Во второй базе контрагенты с таким ИНН есть и с такими же КПП.
Надо что бы несколько контрагентов, которые выбрать во второй базе грузились на одни контрагент.
т.е. три контрагента в первой базе, должны стать одним контрагентов во второй базе.

По условию задачи, таких контрагентов может быть больше. Поступило предложение, что нужно хранить внешний файл, в котором надо хранить информацию о том, должен ли этот контрагент замениться другим. Пользователь сам будет добавлять информацию о контрагентах во внешнюю таблицу.

т.е. в правилах обмена вызывать внешний файл, например таблицу *.mxl, возможно ли так и насколько это эффективно?

можно
смотри в типовых регистр СоответствиеОбъектовИнформационныхБаз

(1) Это мне ни о чем не говорит.
Можно более развернутый ответ.

заносить информацию во внешний файл в философии 1С является не кашерным

(2) пиши данные в регистр СоответствиеОбъектовИнформационныхБаз. Там указываешь контрагента из этой базы и чему соответствует в той базе.

(2) "Это мне ни о чем не говорит." - это и так понятно. В типовых конфигурациях такое решение твоего вопроса - с помощью регистра СоответствиеОбъектовИнформационныхБаз.
В ответе, какбы по умолчанию предполагается что ты самостоятельно будешь изучать свою конфигурацию. Ну, или погуглишь поиском про этот регистр.

(по существу) Перед поиском объекта по правилам конвертации используются этот регистр, его записи вместо поиска. Если по объекту там записей нет - проводится поиск по правилам конвертации и найденное соответствие сохраняется в регистре для дальнейшего использования. Вот как-то так.
Ваш кэп.