Как мне известно, штрихкоды в ERP 2.1 хранятся в регистре сведений  ШтрихкодыНоменклатуры. Возникает ситуация, когда у разных номенклатур одинаковый штрихкод. Но регистр блокирует дубли по штрихкоду. Как обойти эту проблему, чтобы разным номенклатурам можно было присвоить одинаковые штрихкоды?

Интересно... А как потом искать по этому ШК? Придётся логику менять.
Так что номенклатуру в измерение, и переписывать процедры поиска

ну вообще дешевле всего отказаться от второго ШК. Иначе очень много будет писанины. Или сделать свой ШК, внутренний, и клеить стикер