http://s002.radikal.ru/i198/1609/86/030f3da1e887.png

Сгруппировать надо вот таком виде
01.07.2016 - 12.07.2016 Территория Участок №3
13.07.2016 - 20.07.2016 Территория Участок___№29
21.07.2016 - 31.07.2016 Территория Участок №3

РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Период КАК Период,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.НомерСтроки КАК НомерСтроки,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Активность КАК Активность,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Организация КАК Организация,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Сотрудник КАК Сотрудник,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.ДатаРегистрации КАК ДатаРегистрации,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.ВидВремени КАК ВидВремени,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Территория КАК Территория,
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.КоличествоЧасов КАК КоличествоЧасов
ПОМЕСТИТЬ ВременнаяТаблица
ИЗ
    РегистрСведений.РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчета.СрезПоследних(, Период МЕЖДУ &Начало И &Конец) КАК РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних
ГДЕ
    РТ_ГрафикСотрудниковПоОбъектамУчетаСрезПоследних.Сотрудник = &Сотрудник
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

ВЫБРАТЬ
    Основная.Сотрудник КАК Сотрудник,
    ВЫБОР
        КОГДА Основная.Территория = Проверка.Территория
            ТОГДА МИНИМУМ(Основная.ДатаРегистрации)
    КОНЕЦ КАК Время,
    МАКСИМУМ(Основная.Территория) КАК ТерриторияОсновная,
    МАКСИМУМ(Проверка.Территория) КАК ТерриторияПроверки
ПОМЕСТИТЬ ВременнаяТаблица1
ИЗ
    ВременнаяТаблица КАК Основная
        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ ВременнаяТаблица КАК Проверка
        ПО Основная.Сотрудник = Проверка.Сотрудник

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    Основная.Сотрудник,
    Основная.Территория,
    Проверка.Территория

ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ

ВЫБРАТЬ
    ВременнаяТаблица.Сотрудник,
    ВЫБОР
        КОГДА ВременнаяТаблица.Территория <> Проверка2.Территория
            ТОГДА МАКСИМУМ(Проверка2.ДатаРегистрации)
    КОНЕЦ,
    МАКСИМУМ(ВременнаяТаблица.Территория),
    МАКСИМУМ(Проверка2.Территория)
ИЗ
    ВременнаяТаблица КАК ВременнаяТаблица
        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ ВременнаяТаблица КАК Проверка2
        ПО ВременнаяТаблица.Сотрудник = Проверка2.Сотрудник

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ВременнаяТаблица.Сотрудник,
    ВременнаяТаблица.Территория,
    Проверка2.Территория
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

ВЫБРАТЬ
    Конечная.Сотрудник КАК Сотрудник,
    Конечная.Время КАК Время,
    Конечная.ТерриторияОсновная КАК ТерриторияОсновная,
    Конечная.ТерриторияПроверки КАК ТерриторияПроверки
ИЗ
    ВременнаяТаблица1 КАК Конечная
ГДЕ
    Конечная.Время <> ДАТАВРЕМЯ(1, 1, 1)

результатЗапроса

Вильданов     01.07.2016 0:00:00    3/ (Участок №3 (дог.№ 16Y0631 от 17.03.16) сч25)
Вильданов     13.07.2016 0:00:00    29/ (Участок№29 (дог.№ЛК-КС-2014/46 от 08.09.2014) сч20)
Вильданов     20.07.2016 0:00:00    3/ (Участок №3 (дог.№ 16Y0631 от 17.03.16) сч25)
Вильданов     31.07.2016 0:00:00    29/ (Участок№29 (дог.№ЛК-КС-2014/46 от 08.09.2014) сч20)