Необходимо зафиксировать в базе 3 значения типа булево. В будущем возможно будет больше. То есть сохранять удобнее будет в структуре, чтобы потом можно было использовать более 3... или менее.. с минимальной правкой имеющегося кода.

Создавать под это константы.... бррр

Есть ХранилищеОбщихНастроек и можно было бы использовать его, если бы оно действительно было общим.
Поправьте меня, если я ошибаюсь, но как я понял:
Необходимо указывать для какого конкретно пользователя я сохраняю эту настройку. Если не укажу, то она сохранится под именем пользователя, совершающего сохранение.

А как им пользоваться под другими пользователями?
Создавать некоего "эталонного" пользователя не предлагать.

В момент когда пользователь выполняет от своего имени некую процедуру или функцию хорошо было бы если бы он имел доступ к этим хранимым значениям не заботясь о том от чьего имени они создавались.

Есть ли в платформе механизм хранения "для всех"?

Все хранилища на пользователя.
Для всех, это объекты базы данных: Константы, справочники, регистры сведений.

(1)
Конфа УТ. Перебрал РС - тоже подходящего ничего не нашел пока.
Если так и не найду, еще раз внимательно переберу что есть,  придется слабать РС под хранение произвольных значений.

интересуют ключи
1) Строка огр. длины - для идентификации настройки по имени.
2) Объект - произвольный тип для отбора принадлежности настройки к объекту

значения:
1) Значение- произвольный тип

Ребята, если кто то видел подобные РС в УТ 10.3 или что-то знает об их судьбе или текущем местоположении очень просим вас немедленно сообщить по телефону..... :)