В БП загружаются реализации , перемещения товаров и требования накладные из другой конфигурации.

Если в табличной части "товары" этих документов программно заполнить реквизит "себестоимость" , то они не проводятся (Для НДС не списано столько-то), если их не заполнять, то все отлично проводится.

Для чего вообще нужен этот реквизит и как установить себестоимость списания?

странные люди. Если хотите ручной учет, так и заполняйте поле документОприходования и себестоимость