Обновляю измененную конфу и при нажатии "Показать различия в модулях" вижу такую картину
http://s020.radikal.ru/i706/1703/3a/ec73f588ce63.png
Снял флажок и поставил обратно - картина та же.
Вопрос в том, почему при снятии/установки флага, он не помечает все процедуры для объединения?

Так, вроде, объединил.

(1) хорошо, допустим
а как сделать, чтобы он вообще везде галки поставил?

(2) Нажми на гаечный ключ вверху окна сравнения объединения и там выбери "удалять объекты" или что-то вроде того.

IMHO надо думать что можно удалять старые функции или нет. Например ты оставляешь старую форму объекта, а функции старые удаляешь - можно таким образом обработчики нафик удалить и потом париться с восстановлением или откатами.

(3) такое установлено

(4) ставлю типовое обновление от УПП и в новой версии этих функций нет

может это как-то связано с тем, что "перепрыгиваю" версии?
хотя самому в это с трудом верится

чтобы не было возгласов о последовательном обновлении, говорю сразу - подготавливаю цф для конечного обновления

(8) Это  заявление тебя не спасёт. Если делаешь не стандартно, то готовься к сюрпризам.