(2) Судя по описанию предоставленной данной обработки (1) эта обработка должна перепроводить документы, соответственно и все регистры должны встать нормально.
(3) Во-первых, у корректировки регистров, насколько я помню, табличная часть весьма эфемерная - надо править непосредственно в регистре бухгалтерии. Аналогично с ручной операцией.
Во-вторых, при перепроведении документов могут другие суммы встать. В конкретно этом случае это не важно, хотя лучше бы обработка отдельно исправила в регистре бухгалтерии ЕПСБУ, отдельно - во всех документах.