При обновлении БГУ 2 нужно ли вручную (как в БГУ 1) обновлять:
- бухгалтерскую отчётность;
- бюджетные классификаторы;
- форматы обмена (с банками и т.п.)?

(0) да, все отдельно обновляется. Разве что формат выгрузки отчетности предопределенные есть + обновляются с конфигурацией. Но можно отдельно догружать как внешние.