После установки онлайн кассы перестали срабатывать скидки, точнее не проходит оплата пишет что сумма оплат меньше суммы чека..
почему такое только с онлайн кассой?

Потому что в онлайн кассах нет понятия скидки

(0) тут скорее всего ошибка округления.

скидки теперь нужно применять построчно

А маркетинговые акции будут проходить?

(0) проверьте сочетание прошивка/драйвер кассы