Вопрос:
Меняются ли ИмяТаблицыХранения для определенной конфигурации если их разворачивать, допустим на другом сервере БД?

Не документировано.

не исключено

смотря как будешь разворачивать.
Если отсюда дамп, а туда ресторе, то не поменяеются.

А вот, если из dt загружать или из cf новую базу, то могут и поменяться - они просто создадутся новые с нумерацией по порядку следования в дереве метаданных. Тут, скорее, правильнее говорить о том, что в этом случае имена могут где-то и совпасть.

А ИмяТаблицы вообще где хранят?

Из СП
Следует использовать метод только для административных задач обслуживания базы данных и анализа записей технологического журнала. Не следует применять метод для реализации какой-либо части прикладной функциональности.

поэтому этот вопрос должен остаться без ответа...

если конфы идентичны то не меняются. а вот если потом обновлять не одинаково , то могут начать различаться.

(0) С какой целью интересуешься? ))