А то снизу оно очень сильно мешает и раздражает.

Так уж получилось, что снизу кнопки, которые окно сообщений накрывает.
Или может как-то сделать, что-бы окно сообщений не наезжало на форму.

Наконец-то серьёзные вопросы пошли

Таково его назначение - мешать и раздражать. Иначе его никто читать не будет.

Если конечно оно показывается 50 раз на дню пользователю с полезными сообщениями типа "Документ успешно проведен", то да, может раздражать.

А окна оповещений?

Предлагаю для всех сообщений и оповещений сделать отдельную закладку.

(5) Работаю с древней формой. Которая жила еще с обычной формы.

(5) Это типовой функционал или БСП? Я работаю с БП, поэтому конечно будет интересно переделать.