Не принимается к расходам оплата поставщику.
То, что это не аванс, видно и по "Ведомость по взаиморасчётам с контрагентами", и по проводкам.
Последовательность УСН восстанавливал.
http://joxi.ru/V2VvnZXU0KaJG2
Взаиморасчёты по договору самые простые - просто по договору:
http://joxi.ru/vAWeDaxFkqyQLm
В поступлениях идут услуги:
http://joxi.ru/n2Y0831HjZR6Wm
УСН - доходы-расходы:
http://joxi.ru/DmBRXOGiNzjZDm
Кросс-таблица по этому договору пустая:
http://joxi.ru/Vm63yPXfxjXda2
Что ещё надо проверить?

Вопрос вроде должен быть затасканным и тридцать раз понятным, а поиском поискал - ничего умного не нашёл.
Куда хоть примерно копать? Код там долго копать можно.

Хотелось бы увидеть настройку условий признания расходов.

(0) регистр взаиморасчеты усн?

(0) регистр расходы усн в документе поступления.

(2) http://joxi.ru/Y2LDjJWCnQXRO2

(3, 4) Почему-то рассматриваемое платёжное поручение не делает движений в ни РН "Взаиморасчёты УСН", ни в РН "Расходы УСН"
http://joxi.ru/l2ZYvOyU8E56Zm

"Куда хоть примерно копать?" // В прикладной код