Есть ли настройки предприятия позволяющие применять налоговый вычет на детей, скажем, при начислении зп?

Вопрос возникает из-за того, что одному сотру этот вычет был сделан при начислении отпуска, а в конце месяца уже вычета не было, т.к. общая сумма превысила допустимую

все верно, в чем проблема?

(0) Читаем НК РФ, порядок применения вычета. А также порядок расчета налога, который с 2016 года немного поменялся.

(0) уточняю - статья 226, пункт 3, абзац 1 с 2016 года поменялся.