В реквизите справочника надо хранить ссылку на объект метаданных.
Можно её засунуть, например, в ХранилищеЗначения.
Вот тут есть пример:
v8: Как в базе хранить ссылки на метаданные
Но хочется вывести этот реквизит на форму и визуально его менять. Какое-то дерево всех объектов метаданных, например, похожее на то, как в конструкторе запросов.
Есть ли что-то готовое?