Доброго
Конфа УПП 1.3
Организация поменяла юридический, соответственно изменено КПП и текущие подразделения(их несколько) становится обособленными.
А в справочнике подразделения признак обособленного подразделения не  является периодическими.
В общем есть какой алгоритм на эту тему.

(0) введите новые подразделения

Логично.
Но блин все запасы, сотрудники, настройки расчета себестоимости, и хрен знает что еще вызезет привязаны к старым.

По идее их надо переводить. Старое подразделение закрывается на какую-то дату, новое вводится. Туда переводятся сотрудники и прочее барахло. Тогда будет история движений.

То бишь наша сказка хороша, начинай сначала.

Ну дык вы, вроде, должны разделительные балансы составить. Выделить, что в обособленных остаётся. Все дела.

без выделенного баланса.

В итоге, вам нужно, чтобы с определённой даты все местные налоги платились правильно.
Это касается НДФЛ и прибыли.
Плюс, в документах ИНН/КПП подставлялось правильно.
Либо адски пилить все документы/начисления.
Либо физически делить на два элемента справочника подразделений. До и после.