Типовой механизм имеет существенную недоработку - нет распределения с учетом подразделения.
Простой пример - у организации 2 подразделения: основное и обособленное. По основному подразделению з/п необходимо распределить между 2-я объектами (два способа отражения (со) ), по обособленному - по 3-му объекту.
Штатно же ЗУП раскидывает пропорционально всем способам по каждому подразделению, т.е.
основное - со1, со2, со3 по долям
обособленное - со1, со2, со3 по долям.
Понимаем же, что никакого со1, со2 в обособленном подразделении быть не может.
Никто не заморачивался данным вопросом?
Добавить реквизит в док и измерение в РН - не вопрос, в ЗУП  сам процесс распределения муторный.

(0)[Никто не заморачивался данным вопросом? ]
УПП - решено через НГ
ERP - через НД

"везет" вам.
послушаем еще советы бывалых, параллельно пытаясь реализовать в ЗУП

на время подниму

не так страшен черт, как его малюют
Добавляем новое измерение "Подразделение" в РС БухучетРаспределениеОсновногоЗаработка, дорабатываем документ "Распределение основного заработка" для заполнения РС.
В ОМ ОтражениеЗарплатыВБухучетеРасширенный в процедуре СоздатьВТБухучетОсновногоЗаработка
добавляем связь
    |            И Начисления.Подразделение = РаспределениеОсновногоЗаработка.Подразделение

вуаля. Вдруг кому-то пригодится решение.