Как при синхронизации между УТ и БП программа понимает, что думает проведен или не проведен или не проведен, если в файле обмена отсутствует информация о проведении и в EnterpriseData тоже нет этой информации

подниму

Не проведенные не выгружаются при типовом обмене, вот и все.

(2) а если отменяют проведение, тогда как

(3) интересный вопрос. надо проверить
возможно будет отправлено событие "УдалениеОбъекта"