Ну и смотря как (какими действиями) выгружаешь данные в инфобазе-источнике: если подсистемой БСП, то там по ссылкам объекты не выгружаются безотносительно твоих правил конвертации, а если обработкой универсального обмена, то выгружаются в соответствии с твоими правилами конвертации
(3) "выгрузка - обработкой универсального обмена" // Тогда выгрузка обектов по ссылкам будет осуществляться в соответствии с твоими правилами. Если в контрагенте сидит договор и банк. счет (в типовых на обычных формах обычно есть реквизит "Основной договор" и все такое), то они выгрузятся штатно. Ну а если не сидит, тогда тебе уже сказали как.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший