Создал документ постановка на баланс ЕГАИС указал регистр №3, напикал марки отправил пришел ответ:

Нет остатков на 1-ом регистре по формам 2: FB-000000033591434, FB-000000033591437, FB-000000072429647, FB-000000104119278,

Я не пойму как правильно ставить остатки в регистр №3, если все мои остатки во втором регистре, где нету справок 2. Как правильно ставить на баланс регистр №3?

А зачем Вы хотите поставить на 3 регистр? это все равно партионная продукция. Если очень хочется, то нужно переместить товар на 1 регистр, по нужным справкам, потом привязывать марки на 3 регистр.

(1) А разве до 01.07.2018 не надо производить инвентаризацию акцизных марок АП?

Нет конечно, только если Вы сами хотите привести остатки ЕГАИС к фактическим, но для этого не нужно их никуда перемещать. Партионная продукция как продавалась со 2 рестра так и будет, до особого указания. Новые марки будут продаваться с 1рег + 3 рег. Но их и не получится переместить на 2 рег.

Есть техническая возможность переместить продукцию на 1 рег и привязать марки на 3 рег и тогда продажи пойдут с 1+3 рег. Но это для тех кто хочет пострадать.

почитайте последнюю версию методологии и разъяснения к ней на форуме РАР от пользователя fkr

(5) пойду почитаю, спасибо

так оставьте партионную продукцию на регистре №2, зачем вам вообще привязывать марки, если это партионная продукция? со старыми марками остается второй регистр, а как получите АП с новыми, так и закиненте ее на №3