Зарплата и кадры государственного учреждения 3.1.7.87. В справочнике подразделения новые записи создаются с номером в котором есть префикс (000ЗК-00000). Но для обмена с другими системами нужно чтобы данный справочник нумеровался без префикса (000000775). Нумерация всего справочника была изменена, запускал обработку в которой использовал функцию ОбновитьНумерациюОбъектов. Но даже после этого создавая новый элемент справочника, номер присваивается с префиксом. В чем может быть проблема?

Задан префикс ИБ или узла....
При выгрузке просто меняй номер как надо....

Или отдельный реквизит "НомерДляОбмена" создай....

(0) если не хочешь усложнять обновление - добавь регистр сведений Подразделение - код для выгрузки, при создании нового подразделения создай событие, в котором генеришь нужный вид кода в регистр, а при выгрузке бери из регистра.
При обновлении ничего не сломается