в базе 2 организации как проще увольнять и переводить в другую организацию группу сотрудников

Увольнение списком. Прием списком.

Если начисления остались те же, то возможно удобнее "Перевод к другому работодателю". Оттуда же по ссылке можно сформировать прием и уольнение. Но там один документ - один сотрудник.

(2)+ входящие справки о заработке автоматом

(2) а как включить этот документ?

Он в разделе Кадры, См.также. Если его там нет, включить настройкой навигации

(5) сам документ выключен. нашел его через "все функции"

Возможно он включается, если в базе больше одной организации.

(7) удалил вторую организацию он доступен, во второй базе 2 организации он не активен