Сушествует ли способ автоматически  "пусть даже грубо" перенести изменения(объектов измененных) основной конфигурации в расширение.

Естественно, если это изменение допустимо в расширении

Нет

Заимствуй модули и формы...

(0) Зачем?

(3) Задача "отвязать или выделить" собственные изменения конфигурации от основной (поставки)конфигурации.

Собственно, если делать изначально в расширении, то вопросов нет, а вот если уже "наворочено"...да еще кем-то...

(4) и реквизиты есть добавленные?

(4) Вопрос в том, имеет ли это смысл. Такое выделение редко когда возможно без увеличения трудоемкости работ по обновлению, к тому же, часть доработок может отключиться у пользователей.