К примеру регистрируем документ к обмену вручную в план обмена. Как зарегистрировать справочники в нем по ссылкам наиболее универсально? Можно конечно описывать для каждого документа алгоритмы обхода, но как то это коряво....

(0) В ПКС документа в нужном реквизите пишешь ВыгрузитьОбъект = Истина;

Универсальнее не придумаешь, тебе не надо ничего регистрировать, надо просто выгружать то что нужно.Только проверь что есть нужный тебе ПКО

(0) понял что нужно делать? в правилах конвертации правку делать, правила регистрации оставь впокое.

Понял, спасибо

Речь же о настройке онлайн-обмена? Тогда не соглашусь с (1). Пул выгружаемых объектов должен быть управляем, если использовать такой подход - будет выгружаться вообще все, в т.ч. неизмененные объекты. Стандартно надо решать такие вещи, пользуясь методами БСП по настройке выгружаемых объектов  https://its.1c.ru/db/bsp245doc#content:45:1:issogl2_создание_подписок_на_события.