В форме самого документа добавить колонку остаток, и выводить в нее остаток товара на всех складах(сумарно) на дату документа. Как вывести с учетом остатка в разрезе
характеристик.( то есть если указана характеристика в колонке характеристика номенклатуры, то выводить остаток именно этой характеристики)?

ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
    ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура,
    ЕСТЬNULL(ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0) КАК КоличествоОстаток,
    ЕСТЬNULL(ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0) КАК КоличествоВРезерве
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(
            &Дата,
                И Номенклатура В (&МассивНоменклатур)
                И ХарактеристикаНоменклатуры = &ХарактеристикаНоменклатуры) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыВРезервеНаСкладах.Остатки(
                &Дата,
                И Номенклатура В (&МассивНоменклатур)
                    И ХарактеристикаНоменклатуры = &ХарактеристикаНоменклатуры) КАК ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки
        ПО ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура = ТоварыВРезервеНаСкладахОстатки.Номенклатура

Установить параметр запроса не пробовали?